Канукова З.В. более 15 лет является директором СОИГСИ ВНЦ РАН. За эти годы в институте проведены фундаментальные, многоаспектные исследования в области осетиноведения, реализован ряд проектов по программам Президиума РАН, республиканским программам и конкурсам РГНФ, выполнены докторские и кандидатские диссертационные исследования. Учреждены постоянно действующие научные форумы «Миллеровские чтения», «Нартоведение в ХХ1 веке», Школа-конференция молодых ученых, создан Научно-образовательный отдел «Гуманитарий», основана серия «Первая монография». Восстановлен научный журнал «Известия СОИГСИ», созданы новые журналы «Известия СОИГСИ. Школа молодых ученых» и «Кавказ-Форум». Развивается международное сотрудничество. Институт входит в первую категорию рейтинга профильных научных организаций по оценке Отделения историко-филологических наук Российской академии наук.
Тематика научных исследований З.В.Кануковой: традиционная культура в условиях общественных модернизаций и внешних влияний; этнологическое изучение полиэтничного города, этнические диаспоры, инновационные ресурсы историко-культурного наследия Осетии.
В активе д.и.н., профессора З.В. Кануковой около 200 научных трудов, За последние 5 лет – 57, в том числе 3 монографии, 8 статей в журналах, входящих в международную базу научного цитирования Web of Science (RSCI, Ядро РИНЦ), 1 – в журналах, входящих в международную базу научного цитирования Scopus, 10 – в журналах, входящих в перечень ВАК, 27 – в журналах, входящих в российскую базу научного цитирования РИНЦ.
З.В. Канукова является руководителем научно-исследовательских проектов и программ: Инновационные ресурсы культурного наследия Северной и Южной Осетии (международный грант РГНФ - 2016); «Исторический опыт сосуществования носителей разных культур, традиций, исповеданий в формировании российской государственности», «Социокультурные механизмы утверждения российской государственности и общероссийской идентичности на Северном Кавказе в XIX – начале XX века»; «Культурно – сложные общества: понимание и управление» (программа фундаментальных научных исследований Президиума РАН), «Этнокультурное пространство Республики Северная Осетия – Алания: механизмы управления», «Этническая культура в условиях общественных модернизаций; традиционные ресурсы и инновационный потенциал» (программа научных исследований государственных академий наук на 2013 – 2020 годы).
З.В. Канукова является членом диссертационного совет Кабардино-Балкарском государственном университете им. Х.М. Бербекова по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора наук по шифрам специальности 07.00.02 и 07.00.07.
З.В. Канукова является главным редактором научного журнала «Известия СОИГСИ», входящего в список научных журналов ВАК; членом редакционных коллегий научных журналов: «Вестник антропологии» (RSCI), «Вестник Владикавказского научного центра РАН» (ВАК); «Вестник Академии наук Чеченской Республики» (ВАК), «Кавказология» (ВАК), «Central Eurasia Studies Journal (in Persian)».